As baleias que encalham em geral já estão mortas ou bastante debilitadas. O motivo costuma ser a presença de parasitas nos ouvidos. Eles geram distúrbios no labirinto (ouvido interno) dos animais e, assim, prejudicam sua capacidade de orientação espacial, levando-os muitas vezes a águas rasas. É comum o animal voltar a encalhar, mesmo depois de libertado. Com menor frequência, algumas espécies de baleias – como orca, cachalote e baleias brancas – podem encalhar por conta de variações no campo magnético terrestre. Estas espécies têm um sistema de orientação que as posiciona de acordo com o campo magnético da Terra, o que possibilita, por exemplo, a ocorrência das migrações. Mas quando há variações neste campo magnético os animais se desorientam e podem encalhar em massa.
